Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum Zakład bioinformatyki i telemedycyny

ZBiT PUBLICATION

PUBLICATION BIOINFORMATICS

2012

Spólnik P, Konieczny L, Roterman I, Markiewicz M. (2012) Biological clock - is the need for a clock a common issue for cells and computers? Bio-Algorithms and Med-Systems 8(2), 185-193.

Sałapa K, Kalinowska B, Jadczyk T, Roterman I. (2012) Measurement of hydrophobicity distribution in proteins – complete redundant protein data bank Bio-Algorithms and Med-Systems 8(2), 195-206.

Sałapa K, Kalinowska B, Jadczyk T, Roterman I. (2012) Measurement of hydrophobicity distribution in proteins –Non-redundant Protein Data Bank Bio-Algorithms and Med-Systems 8(3), 327-337.

Konieczny L, Markiewicz M, Piwowar P, Roterman I. (2012) Technical solutions for bio-measurements

Bio-Algorithms and Med-Systems 8(4), 339-349.

Marchewka D, Roterman I, Strus M, Śpiewak K, Majka G. (2012) Structural analysis of the lactoferrin iron binding pockets Bio-Algorithms and Med-Systems 8(4), 351-359.

Ciepiela E, Jadczyk T, Harężlak D, Kasztelnik M, Nowakowski P, Dyk G, Malawski M, Bubak M, Roterman I. (2012) Computations of protein hydrophobicity profile as virtual experiment in gridspace virtual laboratory. Bio-Algorithms and Med-Systems 8(4), 361-372.

2011

Banach M, Prymula K, Konieczny LRoterman (2011) "Fuzzy oil drop" model verified positively.

Bioinformation 5(9), 375-377.

Evangelista G, Minervini G, Polticelli F, Malawski M, Szepieniec T, Flis L, Prymula K, Kochanczyk M, Matczynska E, Wisniowski Z, Salapa K, Banach M, Roterman I. (2011) Ab initio Protein structure prediction – the hydrophobicity distribution analysis Bio-Algorithms and Med-Systems 7(2), 5-12.

Spólnik P, Król M, Stopa B, Konieczny L, Piekarska B, Rybarska J, Zemanek G, Jagusiak A, Piwowar P, Szoniec G, Roterman I. (2011) Influence of the electric field on supramolecular structure and properties of amyloid-specific reagent Congo red.European Biophysics Journal. 40 (10), 1187-1196.

Roterman I , Konieczny L, Banach M, Jurkowski W. (2011) Intermediates in the protein folding process: a computational model. Int. J. Mol. Sci. 12(8), 4850-4860.

Jurkowski W, Kułaga T, RotermanI. (2011) Geometric parameters defining the structure of proteins - relation to early-stage folding step. J. Biomol. Struct. Dynam. 29(1), 79-104.

Marchewka D, Banach M, Roterman I. (2011) Internal force field in proteins seen by divergence entropy. Bioinformation. 6(8), 300-2.

Prymula K, Jadczyk T, Roterman I. (2011) Catalytic residues in hydrolases: analysis of methods designed for ligand-binding site prediction J. Comp. Aid. Mol. Des. 25(2), 117-133.

Roterman I , Konieczny L, Jurkowski W, Prymula K, Banach M. (2011) Two-intermediate model to characterize the structure of fast-folding proteins. J. Theor. Biol. 283(1), 60-70.

2010

Chmielnicki W, Roterman I, Stąpor K (2010) An improved protein fold recognition with suport Victor machines Expert Systems: The Journal of Knowledge Engineering. DOl: 10.1111/j.1468-0394.2010.00572.x

Prymula K, Sałapa K, Roterman I (2010) „fuzzy oil drop” model applied to individual small proteins butli of 70 amino acids. J. Mol. Mod. 16, 1269-1282.

2009

Banach M, RotermanI. (2009) Recognition of protein complexation based on hydrophobicity distribution. Bioinformation 4 (2), 98-100.

Jurkowski W, Porębski G, Obtułowicz K, Roterman I. (2009) Serum albumin complexation of acetylsalicylic acid metabolites. Current Drug Metabolism. 10(5), 448-458.

Banach M, Stąpor K, Roterman I. (2009) Chaperonin Structure – The Large Multi-Sbunit Protein Complex Int. J. Mol. Sci. 10, 844-861.

Zobnina V, RotermanI. (2009) Application of the fuzzy-oil-drop model to membrane protein simulation. Proteins; Structure, Function, Bioinformatics 77; 378-394.

Broniatowska E. (2009) Chemical Pathways – Application to the Classification of the Molecular Point Groups. Bio-Algorithms and Med-Systems, 5(9), 117-120.

Prymula K, RotermanI.Functional Characteristics of Small Proteins (70 Amino Acid Residues) Forming Protein-Nucleic Acid Complexes.Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, 26(6) 663-677.

Prymula K, Piwowar M, Kochanczyk M, Flis Ł, Malawski M, Szepieniec T, Evangelista G, Minervini G, Polticelli F, Wiśniowski Z, Sałapa K, Matczyńska E, Roterman I. (2009) In silico Structural Study of Random Amino Acid Sequence Proteins Not Present in Nature Chemistry & Biodiversity – 6, 2311-2336.

Prymula K, RotermanI. (2009) Structural Entropy to Characterize Small Proteins (70 aa) and Their Interactions. Entropy 11, 62-84.

Stopa B, Piekarska B, Konieczny L, Król M, Rybarska J, Jagusiak A, Spólnik P, Roterman I, Urbanowicz B, Piwowar P, Lewiński K (2009) Formation of amyloid-like aggregates through the attachment of protein molecules to a Congo red scaffolding framework ordered under the influence of an electric field . Central European Journal of Chemistry 10.2478/s1:532-009-0107-y.

2008

Bryliński M, Konieczny L, Kononowicz A, Roterman I. (2008) Conservative secondary structure motifs already present In Early-stage folding (in silico) as fund in serpines family. J. Theoret. Biol. 251 (2008) 275-285.

Kononowicz A, Roterman I. (2008) Szpitalny System Obsługi Pacjenta W książce Inżynieria biomedyczna. Księga współczesnej wiedzy tajemnej w wersji przystępnej i przyjemnej. Pod redakcją naukową Ryszarda Tadeusiewicza. Uczelniane Wydawnictwa Naukowo-Dydaktyczne. AGH Kraków 2008.

Piwowar M, Roterman I. (2008) Projekt Sekwencjonowania Ludzkiego Genomu

Inżynieria biomedyczna. Księga współczesnej wiedzy tajemnej w wersji przystępnej i przyjemnej. Pod redakcją naukową Ryszarda Tadeusiewicza. Uczelniane Wydawnictwa Naukowo-Dydaktyczne. AGH Kraków 2008.

Roterman-Konieczna I, Kononowicz AA, Stachoń AJ (2008) Wirtualny pacjent jako narzędzie nauczania problemowego w kontekście europejskiego projektu eViP.e-mentor – dwumiesięcznik wydawany przez Szkołę Główną Handlową w Warszawie. Nr 1 (23) luty 2008.

Minervini G, Ewangelista G, Polticelli F, Piwowar M, Kochańczyk M, Flis Ł, Malawski M, Szepieniec T, Wiśniowski Z, Matczyńska E, Prymula K, Roterman I. Never born proteins as a test case for ab initio protein structures prediction. Bioinformation 3(4), 177-179.

Piwowar M, Matczyńska E, Ochlawski P, Kosibowicz M, Kość D, Swatowski M, Więcek P, Szepieniec T. (2008) GenFoSS–java application for presentation of coding stretches of Never Born Proteins. Bio-Algorithms and Med.-Systems. 4(7), 9-16.

PUBLICATION BIOSTATISTICS


2012

Andrzej Stanisz, Elżbieta Broniatowska (2012) Techniques of nominal data analyses. Bio-Algorithms and Med-Systems 8(2),237-254.

2011

Guzik P, Brongel L, Roterman ISałapa K, Lorkowski J, Budzyński P, Trybus M. (2011) Diagnostic groups of risk in trauma patients as independent groups of patients. Proposition for National Helth Founadtion. Clinical estimation costs of treatment. III. Diagnostic groups of risk. Ostry Dyżur 4(1), 18-28.

Kononowicz AA , Zary N, Davies D, Heid J, Woodham L, Hege I. (2011) Push and Pull Models to Manage Patient Consent and Licensing of Multimedia Resources in Digital Repositories for Case-Based Reasoning.Studies in Health Technology and Informatics. 169,203-207.

Stachoń AJ, Kononowicz AA. (2011) Educational decision diagrams in biomedical and life sciences – experience gained from introducing into anthropology classes. Bio-Algorithms and Med-Systems 7(1), 17-22.

Stangel-Wójcikiewicz K, Wojtyś A, Piwowar M, Migdał M, Popławska AM (2011) Laparoscopic colpopexy technique performed with laparoscopic supracervical hysterectomy, total laparoscopic hysterectomy, and following total abdominal hysterectomy. Bio-Algorithms and Med-Systems 7(1), 43-48.

Owczarek D, Cibor D, Mach T, Ciesla A, Pierzchała-Koziec K, Sałapa K, Kuśnierz-Cabała B. (2011)

Met-enkephalins in patients with inflammatory bowel diseases . Advances in Medical Sciences23:1-7.

Składzień T, Górecka K, Wiśniowski Z, Jaworska I, Wójcik E, Mroczek T, Skalski J. (2011)Lęk, depresyjność i drażliwość u rodziców dzieci leczonych chirurgicznie z powodu wrodzonej wady sercaAnxiety, depressiveness and irritability in parents of children treated surgically for congenital heart defects. Kardiochirurgia i Torakochirurgia Polska 4, 479-482.

1. Walecki, P.; Gorzelanczyk, E. J.; Differences of saccadic refixations in ADHD/HKD and non-ADHD individuals, JOURNAL OF NEUROLOGY, 258, 1, 128-128, 2011.

2. Walecki, P.; Lason, W.; Feit, J.; et al., Effects of mu-opioid receptor agonist on saccadic refixations, JOURNAL OF NEUROLOGY, 258, 1, 128-128, 2011.

3. Gorzelanczyk, E. J.; Michalak, M.; Walecki, P.; et al.; Effects of left-sided STN stimulation on saccadic refixations, JOURNAL OF NEUROLOGY, 258, 1, 135-136, 2011.

2010

Alekseenko A, Wojas-Pelc A, Wiśniowski Z, Czerwińska M. (2010)Fenotyp pacjentów z czerniakiem skóry, znamionami dysplastycznymi oraz znamionami zwykłymi.Phenotype of patients with malignant melanoma and dysplastic and common nevi. Przegląd Dermatologiczny 6(97), 370-377.

Undas A, Owczarek D, Gissel M, Sałapa K, Mann KG, Butenas S. (2010) Activated factor XI and tissue factor in inflammatory bowel disease. Inflamm Bowel Dis. 16(9), 1447-8.

2009

Sałapa K, Stanisz A. (2009) Statistical Pathways – a Method of Visualization Statistical Rules. Bio-Algorithms and Med-Systems, 5(9), 127-132.

Stachoń A, Walewska E, Ścisło L, Matuszyk D, Dziedzic M, Kononowicz AA. (2009) Authoring and implementation of virtual patients in nursing – the new challenge at the Jagiellonian University Medical College. Bio-Algorithms and Med-Systems, 5(9), 87.

Trąbka J, Walecki P, Lasoń W, Pyrczak W, Sarapata K (2009) Speech perception – toward understanding of consciousness. Bio-Algorithms and Med-Systems, 5(10),

Walecki P. (2009) Neuroinformatic modeling of oculomotor system.Bio-Algorithms and Med-Systems, 5(10),

Zary N, Hege I, Heid J, Kononowicz AA, Woodham L, Donkers J. (2009) Enabling Interoperability, Accessibility and Reusability of Virtual Patients – Findings from the eViP project. Bio-Algorithms and Med-Systems, 5(9), 68.

Zary N, Hege I, Heid J, Woodham L, Donkers J, Kononowicz AA. Enabling Interoperability, Accessibility and Reusability of Virtual Patients across Europe – Design and Implementation. Medical Informatics in a United and Healthy Europe. Proceeding of MIE 2009. 826-830.

2008

Stanisz A. (2008) Co można wyciągnąć z tych danych? Praktyczna statystyka w medycynie i Farmacji. Planowanie badań I opracowywanie wyników. StatSoft Kraków 2008

Kononowicz AA, Stachoń AJ, Romanowska-Pawliczek A, Obtułowicz P, Pyrczak W. (2008) Learning-by-e-teaching: Experience from involving students In preparation of e-learning materials. Bio-Algorithms and Med.-Systems. 4 (7), 63-69.

Marchewka D, Roterman I. (2008) Ligands Database.Bio-Algorithms and Med-System, 4(8), 15-18.

Porębski G, Obtułowicz K, Piwowar M, Roterman I. (2008) Association Between the N-Acetylation Genetic Polymorphism and Aspiryn-Induced Urticartia. Bio-Algorithms and Med-System, 4(8), 19-23.

PUBLICATION TELEMEDICINE


2012

4. Walecki, P.; Gorzelanczyk, E. J.; Using saccadometry to enhance effectively diagnosis of ADHD

EUROPEAN PSYCHIATRY, 27, 1, P-349, 2012.

5. Walecki, P.; Lason, W.; Gorzelanczyk, E.; Effect of a single therapeutic dose of methadone on hand-eye coordination and motor learning in opioid-addicted subjects, EUROPEAN PSYCHIATRY, 27, 1, P-1121, 2012.

6. Walecki, P.; Lason, W.; Ziolkowski, M.; et al.; Risk behavior in opioid-dependent individuals after administration therapeutic dose of methadone, EUROPEAN PSYCHIATRY, 27, 1, P-109, 2012.

7. Gorzelanczyk, E.; Lason, W.; Feit, J.; Walecki, P.; Ziolkowski, M.; Assessment of the dynamics parameters of the dominant hand movement in patients with schizophrenia, EUROPEAN PSYCHIATRY, 27, 1, P-1264, 2012.

8. Nowinska, E.; Litmanowski, P.; Laskowska, E.; Feit, J.; Walecki, P.; Pasgreta, K.; Ziolkowski, M.; Gorzelanczyk, E.; The influence of single dose of methadone on the QT value in patients from the substitution program, EUROPEAN PSYCHIATRY, 27, 1, P-72, 2012.

9. Pasgreta, K.; Nowinska, E.; Feit, J.; Plaszczyca, N.; Walecki, P.; Gorzelanczyk, E.; The parameters of saccadic eye movements in individuals with Alzheimer's disease compared with those of healthy subjects, EUROPEAN PSYCHIATRY, 27, 1, P-1028, 2012.

10. Gorzelanczyk, E.; Lason, W.; Raniszewska, I.; Ziolkowski, M.; Feit, J; Walecki, P.; Biedrzycki, S.; The effect of administration of a single methadone dose on psychomotor performance in patients addicted to opioids during substitution therapy, EUROPEAN PSYCHIATRY, 27, 1, P-53, 2012.

 

2010

Andryszak P., Stachowiak A., Włodarczyk K., Walecki P., Ziółkowski M., Gorzelańczyk E. J. (2010) Wpływ pojedynczej doustnej dawki morfiny na niektóre parametry funkcjonowania poznawczego u pacjentów z bólem przewlekłym leczonych środkami nieopioidowymi , Medycyna Paliatywna 1, 9-17

KononowiczA , Hege I, Adler M, de Lenge B, Donkers J, Roterman I (2010) Integration Scenarios of Virtual Learning Environments with Virtual Patients Systems. E-mentor. Nr 5 (37).

Kononowicz AA, Stachoń A (2010) Adaptacja Istniejących Elektronicznych Zasobów Dydaktycznych jako Szansa na Dynamiczny Rozwój e-Nauczania – Doświadczenia Projektu Europejskiego eViP.

Postępy e-edukacji. Redakcja naukowa Lech Bałachowski.

Sarapata K, Góra P, Nalepa GJ, Adrian WT, Kluza K, Noga M. (2010) Encyklopedia semantyczna – odpowiedź na wymagania dietetyka. Probl Hig Epidemiol 91 (4), 517-521.

Walecki P, Andryszak P, Stachowiak A, Ziółkowski M, Gorzelańczyk E J. (2010) Wpływ pojedynczej dawki siarczanu morfiny na parametry dynamiczne refiksacji sakadycznej u pacjentów z umiarkowanym i silnym nienowotworowym bólem przewlekłym. Wiadomości Psychiatryczne, 13(3), 145-156.

 

2009

Gorzelany D, Walocha J, Wojas-Pelc A, Lejman W, Gryglewski R Jr, Pyrczak W, Roterman I. (2009) Male Portrait Head. Bio-Algorithms and Med-Systems, 5(9), 137-142.

Hege I, Kononowicz AA, Pfähler M, Adler M, Fischer MR. (2009) Implementation of the MedBiquitous Standard into the learning system CASUS. Bio-Algorithms and Med-Systems. 5 (9), 51-56.

Kononowicz AA. (2009) BIT Pathways – A Flexible Graphical Editor for E-learning Purposes.Bio-Algorithms and Med-Systems, 5(9), 66.

Kononowicz AA, Heid J, Donkers J, Hege I, Woodham L, Zary N. (2009) Development and Validation of Strategies to Test for Interoperability of Virtual Patients. Medical Informatics in a United and Healthy Europe. Proceeding of MIE 185 – 189.

Kononowicz AA, RotermanI. (2009) Chemical Pathways – Visualisation of Classical Analytical Procedures in Chemistry by the Use of Flow Charts. Bio-Algorithms and Med-Systems. 5(9), 121-126.

de Long B, Donkers J, Brasch C, Huwendiek S, Kononowicz AA (2009) Evaluation instruments to support educators in making deliberate choices when they use virtual patients to teach clinical reasoning. Bio-Algorithms and Med-Systems, 5(9), 45.

Mazurek Z, Kononowicz AA. (2009) The Impact of Repurposing to Different Education Levels on the Attitudes of Medical Students Towards Virtual Patients. Bio-Algorithms and Med-Systems. 5(9), 86.

Roterman I. (2009) The XV Century Patients (as Presented on Wit Stwosz Altar) Diagnozed. Bio-Algorithms and Med-Systems, 5(9), 147-152.

2008

Trąbka J., Walecki P. (2008) Neuroinformatyka – problemy definicyjne. Episteme. 7, 55-60

Trąbka J, Walecki P, Lasoń W, Sarapata K, Pyrczak W, Roterman I. (2008) Percepcja mowy – analiza potencjałów wywołanych w zaburzeniach procesów przetwarzania słuchowego. COST BM605 – Świadomość: Zintegrowane podejście interdyscyplinarne . Episteme. 7, 83-94.

Walecki P, Trąbka J. (2008) Wybrane realizacje projektów neuroinformacyjnych. Episteme. 7, 61-82.

Walecki P, Tukałło M, Gorzelańczyk EJ (2008). Dynamika ruchu gałek ocznych u osób niesłyszących i słabosłyszących. Episteme. 7, 19-32.

Andrzej A. Kononowicz, Holler T (2008) Bit Pathways – A Tool for Teaching and Learning Clinical Pathways. Bio-Algorithms and Med-System, 4(8), 33-39.

Lasoń W., Kononowicz A. A., Obtułowicz P., Kułaga T. (2008) Teledicom environment as a modern telemedical tool for education of medical students Bio-Algorithms and Med-System, 4(8), 63-68.

Porębski G, Obtułowicz K, Piwowar M, Roterman I. (2008) Association Between the N-Acetylation Genetic Polymorphism and Aspiryn-Induced Urticartia. Bio-Algorithms and Med-System, 4(8), 19-23.

Sarapata K, Sanak M. (2008) Bioinformatic Environment for Analyzing Large Scale Genome Sequence.Bio-Algorithms and Med-System, 4(8), 25-31.

Lasoń W, Walecki P, Pyrczak W, Sarapata K. (2008) Creative e-Learning. Bio-Algorithms and Med-System, 4(8), 41-50.

Walecki P, Lasoń W, Gorzelańczyk EJ, RotermanI. (2008) The influence of coffee on an eyeball movement Bio-Algorithms and Med-System, 4(8), 69-72.

Walecki P, Lasoń W, RotermanI. (2008) Advanced measurement of saccadic eye movements – study of invariable and significant physiological features. Bio-Algorithms and Med-System, 4(8), 81-92.

Walecki P, Lasoń W, Gorzelańczyk EJ. (2008) Direction-dependent Saccadic Waveform Asymmetry

Bio-Algorithms and Med-System, 4(8), 73-80.