Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum Zakład bioinformatyki i telemedycyny

EuChina

EuChina (2006 - 2008) - zespół bioinformatyki uczestniczył w projekcie europejskim o nazwie EuChina. Projekt ten zakładał ujednolicenie systemu gridowego Europy i Chin. Uczestnikami tego projektu były następujące państwa i instytucje: Beihang University, Beijing (China) · CNIC (China) · IHEP, Beijing (China) ·Peking University, Beijing (China) · GRnet (Greece) ·Consortium GARR (Italy) · Department of Biology, Università di Roma3 (Italy) · INFN (Italy) · Jagiellonian University in Krakow (Poland) · CERN (Switzerland). Zadaniem naszego zespołu było wykonanie obliczeń wielkoskalowych dla zagadnień biologicznych. We współpracy z uniwersytetem Roma Tre w Rzymie przewidywaliśmy struktury białek o sekwencji nie dłuższej niż 60 aminokwasów. Zespół uniwersytetu Roma Tre wykonywał obliczenia wg programu ROSETTA. Zespół krakowski wg modelu „fuzzy oil drop”. Sekwencje aminokwasowe były generowane w systemie random. Oczekiwano, że w tej dużej (10 tys sekwencji wygenerowano) znajdują się białka o aktywności biologicznej, które mogą mieć zastosowanie w farmakologii.

eViP

eViP (2007-2010)

Współfinansowany przez Unię Europejską program budowy międzynarodowej bazy wirtualnych pacjentów. W wyniku działań projektu powstało publicznie dostępne internetowe repozytorium 320 edukacyjnych kazusów medycznych. Prezentowani wirtualni pacjenci są efektem adaptacji do lokalnych warunków uczelni uczestniczących w projekcie materiałów e-nauczania pochodzących z różnych krajów europejskich (http://www.virtualpatients.eu/referatory). Wirtualni pacjenci projektu eViP dostępni są we wspólnym formacie danych: MedBiquitous Virtual Patient, który interpretowany jest przez wiele systemów wirtualnych pacjentów w Europie: m.in. Campus, CASUS, OpenLabyrinth i Web-SP.

W ramach projektu współpracowaliśmy z: - St George's University of London (Wielka Brytania) – koordynator projektu, Karolinska Institutet (Szwecja), Ludwig-Maximilians-Universität München (Niemcy), University of Warwick (Wielka Brytania), Maastricht University (Holandia), University of Heidelberg (Niemcy), University "Iuliu Hatieganu" Cluj-Napoca (Rumunia), Universität Witten/Herdecke (Niemcy)

Pomimo, iż projekt eViP zakończył się w roku 2010, Zakład Bioinformatyki i Telemedycyny nadal prowadzi intensywną współpracę w dziedzinie budowy i zastosowań wirtualnych pacjentów z uczestnikami projektu eViP, w szczególności z Uniwersytetem Ludwika-Maksymiliana w Monachium i Instytutem Karolinska w Sztokholmie.

COST

COST Action BM0601 (2008-2011): Advanced Methods for the Estimate of Human Brain Activity and Conectivity (NeuroMath)

Głównym celem projektu COST BM0601 NeuroMath jest rozwój badań dotyczących matematycznych metod umożliwiających opis aktywności kory mózgowej. Metody te znajdują zastosowanie w nieinwazyjnych technikach obrazowania mózgu tj. EEG i fMRI. Projekt NeuroMath skierowany jest na rozwiązywanie zagadnień związanych z analizą aktywności neuronalnej podczas wykonywania określonych zadań angażujących procesy poznawcze. NeuroMath oferuje interdyscyplinarną platformę współpracy dla młodych naukowców z różnych dziedzin tj. psychologii, neuroinformatyki, neurobiologii, biochemii, matematyki, fizyki i inżynierii biomedycznej. W projekcie NeuroMath biorą udział naukowcy z 14 krajów: Austrii, Belgii, Danii, Finlandii, Francji, Grecji, Holandii, Niemiec, Polski, Szwajcarii, Turcji, Węgier, Włoch i Wielkiej Brytanii. Przewodniczącym komitetu naukowego jest Prof. Fabio BABILONI (University of Rome Sapienza).

W ramach COST BM0601 NeuroMath w Zakładzie Bioinformatyki i Telemedycyny był realizowany projekt „Rola grzbietowobocznej kory przedczołowej w generowaniu skokowych ruchów gałek ocznych. Analiza wielorozdzielcza potencjałów wywołanych za pomocą przekształceń falkowych.” Zasadniczym celem projektu jest określenie roli grzbietowobocznej kory przedczołowej w generowaniu ruchów skokowych oczu (sakad). Poszukiwane są charakterystyczne wzorce aktywności grzbietowobocznej kory przedczołowej podczas wykonywania określonych zadań związanych z generowaniem sakad. Przy wykorzystaniu pomiarów EEG wysokiej rozdzielczości i sakadometru zostały skonstruowane specjalne testy ruchu gałek ocznych. W ramach projektu analizowane są charakterystyczne wzorce aktywności neuronalnej związanej z zaangażowaniem procesów poznawczych w generowanie ruchu sakadowego, jak również różnicowanie aktywności grzbietowobocznej kory przedczołowej w zależności od wykonywania różnych rodzajów sakad (m.in. antisaccades, anticipatory saccades, memory guides saccades). Wymiernym efektem badań jest poszerzenie wiedzy na temat związku pomiędzy aktywnością kory przedczołowej a funkcjonowaniem jąder podstawy.

Zakład Bioinformatyki i Telemedycyny brał udział również w następujących projektach COST:

COST Action B27 (2005-2009): Electric Neuronal Oscillations and Cognition (ENOC)

COST Action BM0605 (2008-2011): Consciousness: A Transdisciplinary, Integrated Approach

Konsorcjum TIM

Konsorcjum TIM (2011-)

Pracownicy Zakładu Bioinformatyki i Telemedycyny uczestniczą również w działaniach inicjatywy TIM ("Technologie Informatyczne Medycyny"). Konsorcjum powołane zostało na mocy porozumienia czterech polskich uczelni: - Wojskowej Akademii Technicznej w Warszawie - koordynator projektu - Wojskowego Instytutu Medycznego w Warszawie - Wyższej Szkoły Informatyki i Zarządzania w Rzeszowie - Uniwersytetu Jagiellońskiego, Collegium Medicum w Krakowie. Celem konsorcjum jest podejmowanie wspólnych działań naukowych i prac rozwojowych mających zastosowanie w działalności służby zdrowia przy wykorzystaniu aktualnej wiedzy medycznej i nowatorskich technologii informatycznych wspomagających przebieg profilaktyki zdrowotnej, diagnostyki i leczenia klinicznego.

POLONIUM

POLONIUM (2012 – 2014) – jest to projekt kategorii współpracy bilateralnej: Polska-Francja. Uniwersytet Marie et Pierre Curie w Paryżu zaproponował nam współpracę w dziedzinie bioinformatyki. Projekt dotyczy konstrukcji modelu do

in silico

identyfikacji roli jądra hydrofobowego w kształtowaniu struktury III-rzędowej białek.