Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum Zakład bioinformatyki i telemedycyny

Dr Elżbieta Broniatowska

Publikacje:

Nalewajski, R. F.; Świtka (obecnie Broniatowska), E.; Michalak, A. “Information Distance Analysis of Molecular Electron Densities”, Int. J. Quantum Chem. 2002, 87,198-213,

Nalewajski, R. F.; Świtka, E. “Information Theoretic Approach to Molecular and Reactive Systems”, Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4 , 4952-4958,

Nalewajski, R. F.; Broniatowska, E.“Entropy Displacement and Information Distance Analysis of Electron Distributions in Molecules and Their Hirshfeld Atoms”, J. Phys Chem A, 2003, 107, 6270-6280,

Nalewajski, R. F.; Broniatowska, E. “Information Distance Approach to Hammond Postulate”, Chem. Phys. Lett., 2003, 376, 33-39,

Nalewajski, R. F.; Broniatowska, E. “Entropy/Information Indices of the “Stockholder” Atoms-in-Molecules”, Int. J. Quantum Chem., 2005, 101, 349-362,

Nalewajski, R. F.; Broniatowska, E. “Atoms-in-Molecules from the Stockholder Partition of the Molecular Two-electron Distribution”, Theoret. Chem. Acc., 2007, 117, 7-27,

Brylinski, M.; Kochanczyk, M.; Broniatowska, E.; Roterman, I.“Localization of ligand binding site in proteins identified in silico”, J. Mol. Model., 2007, 13, 665-675,

Broniatowska, E.; Stepien, A.; Roterman, I.“The ligand database server”, Bio-Algorithms and Med-Systems2006, 4, 21-24,

Broniatowski, M.; Obidowicz, K.; Romeu, V. N; Broniatowska, E.; Dynarowicz-Łątka, P. “Mixed Langmir monolayers of gramicidin A and fluorinated alcohols” J. Coll. Int. Sci., 2007, 313, 600-607,

Broniatowska E. „Chemical Pathways – Application to the Classification of the Molecular Point Groups”, Bio-Algorithms and Med-Systems 2009, 5, 117-120,

Stanisz A.; E. Broniatowska“Techniques of Nominal Data”, Bio-Algorithms and Med-Systems2012, 8, 237-254,

Działalność naukowa:

Moje zainteresowania naukowe skupiają się wokół dwóch odrębnych dziedzinach naukowych, co ma związek z moim wykształceniem kierunkowym.

Jako matematyk jestem zainteresowana zagadnieniami statystyki matematycznej, a w szczególności jej zastosowaniem w naukach medycznych. Prowadzę zajęcia dla studentów medycyny, których celem jest przybliżenie metod statystycznych w odniesieniu do danych medycznych zarówno na gruncie teoretycznym, jak i praktycznym w formie obsługi wybranego pakietu statystycznego. Jestem również opiekunem Studenckiego Koła Biostatystycznego zrzeszającego studentów medycyny zainteresowanych poszerzaniem swojej wiedzy z zakresu biostatystyki o zagadnienia znacznie wykraczające poza zakres kursu ze statystyki na studiach medycznych. Przedstawiony na regularnych spotkaniach koła materiał jest następnie wykorzystywany przez studentów do opracowania danych samodzielnie przez nich zebranych. Udzielam również konsultacji oraz pomocy w opracowaniu statystycznym danych medycznych.

Z uwagi na moje chemiczne wykształcenie drugi nurt moich zainteresowań naukowych jest związany z zastosowaniem technik obliczeniowych dostępnych w ramach metod kwantowo-mechanicznych do badania biochemicznych układów molekularnych, jakimi są kompleksy białka z niebiałkowymi cząsteczkami (ligandami) ze szczególnym uwzględnieniem kompleksów białek z grupy beta-lakatamaz z ich inhibitorami. Beta-laktamazy są odpowiedzialne za odporność bakterii na antybiotyki beta-laktamowe, takie jak penicyliny, czy cefalosporyny. Zastosowanie inhibitorów obniża skuteczność działania tych białek, a tym samym zwiększa podatność bakterii na działanie wspomnianych antybiotyków. Obecnie stosowane inhibitory zawierają pierścień beta-laktamowy, który ulega hydrolizie pod wpływem beta-laktamaz, co tym samym dezaktywuje inhibitor. Jednym z rozwiązań tego problemu jest projektowanie inhibitorów różniących się strukturalnie od beta-laktamów, (czyli niezawierających pierścienia beta-laktamowego). Wykorzystanie obliczeń kwantowo-mechanicznych, zwłaszcza w ramach teorii funkcjonałów gęstości (ang. Density Functional Theory, DFT) pozwola wyznaczyć strukturę elektronową tych kompleksów. Natomiast zastosowanie metodologii ETS-NOCV (ang. Extended Transition State – Natural Orbitals for Chemical Valence) rzuca światło na strukturę oddziaływań beta-laktamaz z cząsteczką inhibitora. Dokładna znajomość charakteru tych oddziaływań pozwoli wskazać grupy funkcyjne inhibitora oraz reszty aminokwasowe białka istotne dla tych oddziaływań.