Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum Zakład bioinformatyki i telemedycyny

Dr Monika Piwowar

Adiunkt w Zakładzie Bioinformatyki i Telemedycyny

W ramach pracy naukowej zajmuje się szeroko rozumiana analizą danych genetycznych (genomicznych). Interesuje się związkiem zmian w funkcji białek z obserwowanym fenotypem chorobowym w kontekście zapisu genetycznego. Obecnie zajmuje się oceną związku zapisu genetycznego (eksonów) w odniesieniu do białek (ich struktury i funkcji).

Czynnie współpracuje z Katedrą Metrologii oraz Katedrą Informatyki Akademii Górniczo-Hutniczej w Krakowie,  Instytutem Informatyki UJ  w Krakowie oraz The Genome Analysis Centre w Norwich UK ramach przedsięwzięć naukowych i rozwojowych. Prowadzę „Interdyscyplinarne Spotkania Naukowe”, których celem jest zgromadzenie studentów doktorantów różnych specjalności. Zakres tematyczny oferowany w ramach działalności na Interdyscyplinarnych Spotkaniach Naukowych dotyczy niezwykle nowoczesnego i dynamicznie rozwijającego się nurtu badań, jakim zajmuje się bioinformatyka, a w szczególności działu, który ma bliski związek z medycyną tj. genomika kliniczna.

W ramach pracy dydaktycznej prowadzę zajęcia dla studentów doktorantów UJCM z zakresu „Genomiki klinicznej ”, „Technologii Informacyjnej” dla studentów dietetyki. Realizuję także blok zajęć dla studentów obcokrajowców z zakresu tematyki związanej z Genomiką Kliniczną i Biologią obliczeniową. Oprócz regularnych zajęc dydaktycznych prowadzę prace magisterskie studentów na Wydziale Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej UJ oraz Wydziale Matematyki i Informatyki z zakresu bioinformatyki (ze szczególnym naciskiem na genomikę).

Brałam udział we wdrażaniu technologii e-learningowych tj. platformy Blackboard
i Pegaz w Zakładzie Bioinformatyki i Telemedycyny, który jako pierwszy w Collegium Medicum wdrożył szereg kursów dydaktycznych w oparciu wymienione platformy e-learningowe. 

Udział w Grantach i Projektach

  • (2013-2015) "Application of biological and statistical methods for data integration" - współpraca z
  • (2015-2017) - "Znaczenie stresu oksydacyjnego w syntezie regulatorów śródbłonka naczyń krwionośnych u pacjentów z wrodzonym obrzękiem naczynioruchowym (HAE)". Grant finansowany przez NCN

Współpraca z Kliniką Ginekologii i Położnictwa UJCM w ramach grantów:

  • (2012-2014) "Mikromanipulacja narzędziami chirurgicznymi dla wspomagania zabiegów intrakorporalnych z wykorzystaniem obrazowania wizyjnego”. Grant finansowany przez NCBiR
  • (2008-2011) „Izolacja komórek macierzystych z mięśnia poprzecznie prążkowanego naramiennego z wykorzystaniem ich w leczeniu wysiłkowego nietrzymania moczu u kobiet".” Grant finansowany ze środków Fundacji Na Rzecz Wspierania Rozwoju Polskiej Farmacji i Medycyny.

Współpraca z Katedrą Biochemii Lekarskiej UJCM w ramach grantu

  • (2012-2014) w badaniach mających sprawdzenie skuteczności stosowania nowych kombinacji znanych leków w chorobach nowotworowych oraz opracowania nowych schematów leczniczych z Katedrą Biochemii Lekarskiej UJCM

Współpraca z Kliniką Alergologii UJCM w ramach grantu:

  • (2006-2008) Współudział w grancie pt. Komputerowa symulacja metabolicznych uwarunkowań nietolerancji leku w ustroju. Wykonawca części „Genetyczne podłoże alergii leko-zależnej (aspiryno-zależnej) w oparciu o bazę genomu ludzkiego”. Grant finansowany przez KBN

Współpraca wieloośrodkowa w ramach grantu Europejskiego:

  • (2006 - 2008) Udział „Never born proteins” finansowanego z funduszy Europejskich http://www.euchinagrid.org/)


Publikacje naukowe, doniesienia zjazdowe i patenty

2017

Zgłoszenia patentowe 2017

Zgłoszenie patentowe polskie  nr. PL421343; 19.04.2017; Dygut J. and Piwowar M.,
  "Ortoza pneumatyczna typu ACRF (Activ-Corective-Repeat-Force)  z powtarzalną siłą redresującą łuk  
   poprzeczny i/lub podłużny stopy w leczeniu i profilaktyce deformacji stóp w tym palucha koślawego".

Zgłoszenie patentowe polskie  nr. PL420249; 16.01.2017; Placha W, Zagajewski J, Piwowar M, Szczygieł M:
  "Kompozycja do leczenia czerniaka u ludzi"

Zgłoszenie patentowe amerykańskie nr. 15444448; 28.02.2017; Dygut J and Piwowar M:
  "Foot orthosis with comprehensive method for correcting deformities of the transverse arch
   of the foot in cases of static transverse flatfoot compounded by hallux valgus, with possible
   preventive and post-operative applications."

Publikacje naukowe 2017

   Dygut J, Piwowar M, Guevara-lora I, Trikom K, Jakubas R, Gonzales G, Bogdali A, Gołda M, Machlowska
   J, Strokowska A, Wiktor Jurkowski. Clinical survey of cabbage extract treatment in traumatic knee effusion.
   - in press

  Płatek T, Orso E, Zapała B, Polus A, Kieć-Wilk B, Piwowar M, Chojnacka M, Ciałowicz U, 
  Malczewska-Malec M, Schmitz G, Solnica B, Dembińska-Kieć A. Dysregulation of primary bile acid synthesis
  in a family with X-linked adrenoleukodystrophy. - in press

  Niewiarowska-Sendo A., Polit A., Piwowar M., Tworzydło M., Kozik A., Guevara-Lora I.
  Bradykinin B2 and dopamine D2 receptors form a functional dimer - in press

  Wójcik P, Krawczyk P, Chorostowska-Wynimko J, Reszka K, Duk K, Muszczyńska-Bernhard B, Pankowski J,  
  Wojas-Krawczyk K, Czyżewicz G, Ramlau R, Skoczek M, Orłowski T, Grodzki T, Piwowar M,
  Roszkowski-Ślisz K, Milanowski J. EGFR mutation status – does younger mean more frequently mutated? -
  in press

  Dygut J, Piwowar P, Kogut W, Piwowar M, Treatment of transverse flat foot and hallux valgus deformities
  with use of forefoot clamp orthosis. - in press

  Piwowar M, Matczyńska E, Malawski M, Szepieniec T, Roterman-Konieczna R. Genetic traces of never born
  proteins. Bio-Algorithms and Med-Systems; 2017.

  van Andel H, Kocemba KA, de Haan-Kramer A, Mellink CH, Piwowar M, Broijl A,
  van Duin M, Sonneveld P, Maurice MM, Kersten MJ, Spaargaren M, Pals ST. Loss of CYLD
  expression unleashes Wnt signaling in multiple myeloma and is associated
with aggressive disease.
  Oncogene. 2017 doi: 10.1038/onc.2016.368.

Doniesienia zjazdowe 2017:

Ostachowska-Gasior A., Zajac J.,  Kwiatkowski J., Piwowar M., "Associations between
Body Mass Index and Eating Disorder Symptoms among Adolescents in Poland";
Public Health Nutrition and Environment; IUNS 2017 BUENOS AIRES, ARGENTINA

 

2016


Dygut J, Kalinowska B, Banach M, Piwowar M, Konieczny L, Roterman I. Structural Interface Forms and Their Involvement in Stabilization of Multidomain Proteins or Protein Complexes. Int J Mol Sci. 2016 Oct 18;17(10). pii: E1741. PubMed PMID: 27763556; PubMed Central PMCID: PMC5085769.

Dygut J., Piwowar P., Gołda M., Popławski K., Jakubas R., Gonzales G., Piwowar M.
Simulations in orthopedics and rehabilitation Part I.
Simulators. Bio-Algorithms and Med-Systems 2016,12(4):147-158.

Dygut J., Piwowar P., Gołda M., Popławski K., Jakubas R., Gonzales G., Piwowar M.

Simulations in orthopedics and rehabilitation Part II. Computer simulations.
Bio-Algorithms and Med-Systems; 2016, 12(4):159-168.

Stangel-Wójcikiewicz K, Piwowar M, Jach R, Majka M, Basta A. Quality of life assessment
in female patients 2 and 4 years after muscle-derived cell transplants
for stress urinary incontinence treatment. Ginekol Pol. 2016

Ostachowska-Gasior A, Piwowar M, Kwiatkowski J, Kasperczyk J, Skop-Lewandowska A. Breakfast and Other Meal Consumption in Adolescents from Southern Poland. Int J Environ Res Public Health. 2016 Apr 28;13(5).

2015

Rozdziały w książkach:

Piwowar M, Jurkowski W. Simulations in Medicine Pre-clinical and Clinical Applications Ed. by Roterman-Konieczna, Irena chapter: Part I: Molecular level, Wydawnictwo De Gruyter 2015 

Piwowar M,"Przykłady technik obliczeniowych stosowanych w analizach dużych zbiorów biomedycznych". Monografia wydana za pośrednictwem Centrum Zastosowań Matematyki Politechniki Gdańskiej. 2015

Publikacje naukowe:

Piwowar M, Jurkowski W. "ONION: Functional Approach for Integration of Lipidomics and Transcriptomics Data". PLoS One. 2015 Jun 8;10(6):e0128854.

Waller T, Gubała T, Sarapata K, Piwowar M, Jurkowski W. "DNA microarray integromics analysis platform". BioData Min. 2015 Jun 25;8:18.

Stangel-Wjcikiewicz K and Piwowar M. "Genetic background of urinary incontinence – state-of-the-art and perspective" Bio-Algorithms and Med-Systems 2015; 11(4): 197–203

Lipiak T, Piwowar M, Markiewicz M, NowakowskiM, "ePBLmed: application supporting classes in medical colleges conducted with the problem based learning method".  Bio-Algorithms and Med-Systems, Vol. 11, No. 1. 03.2015

Doniesienia zjazdowe:

Wiewiura P, Malawski M and Piwowar M, "Distributed Execution of Dynamically Defined Tasks on Microsoft Azure, in: Parallel Processing and Applied Mathematics" : 11th international conference, PPAM 2015 : Kraków, Poland, September 6–9, 2015 : book of abstracts, eds. Roman Wyrzykowski, [et al.], pp. 109

Polus A, Piwowar M, Jurkowski W, Malczewska-Malec M, Kieć-Wilk B, Płatek T, Chojnacka M, Zapała B, Śliwa A, Wnęk D, Dembińska-Kieć A. "The n-3 PUFA supllementation in diabetes and obesity", Epigenetics, Obesity and Metabolism Conference EOM 2015 CAMBRIDGE,11-14.10.2015

Jurkowski W, Piwowar M. Systems Biology and Networks: "Integration of transcriptomics and metabolimics data with ONION: application to nutrigenomics studies". O071, 14th European Conference on Computational Biology, Dublin 10-14.07.2015.

Piwowar M,  Piwowar P. "Relation of the exon units to the 2D and 3D protein structures", Interntional conference: Cybernetic Modeling of Biological Systems (MCSB), Kraków 14-15.05.2015

Piwowar M, Jurkowski W. "Examples of data analysis methods  used in the nutrigenomics study". Ogolnopolska konferencja naukowa o zasięgu międzynarodowym: Problemy badawcze i dydaktyczne w medycynie prewencyjnej. Kraków 28-30.05.2015

Piwowar M, Jurkowski W. "Examples of data analysis methods  used in the nutrigenomics study". Ogolnopolska konferencja naukowa o zasięgu międzynarodowym: Problemy badawcze i dydaktyczne w medycynie prewencyjnej. Kraków 28-30.05.2015

Piwowar M,  Piwowar P."Genetic background in addictions", Ogólnopolska, Międzynarodowa, Interdyscyplinarna Konferencja - „Uzależnienie problem cywilizacji XXI wieku” - III Konferencja Stowarzyszenia Substytucyjnego Leczenia Uzależnień „MAR” Gdańsk21-23.05.2014

Piwowar M,  Piwowar P."Genetic studies in addiction – the integration of "OMICS" data", Ogólnopolska, Międzynarodowa, Interdyscyplinarna Konferencja - „Uzależnienie problem cywilizacji XXI wieku” - III Konferencja Stowarzyszenia Substytucyjnego Leczenia Uzależnień „MAR” Gdańsk 21-23.05.2014

Piwowar M, Statystyka i analiza danych II: Analiza danych z technik wysokoprzepustowych w zastosowaniach medycznych. Konferencja/Warsztaty z ramienia Centrum Zastosowań Matematyki przy Wydziale Fizyki Technicznej i Matematyki Stosowanej Politechniki Gdańskiej. Gdańsk 19-21.02.

 

2014

Piwowar M, Banach M, Konieczny L, Roterman I. Structural role of exon-coded fragment of polypeptide chains in selected enzymes. J Theor Biol. 2013 Nov 21;337:15-23. doi: 10.1016/j.jtbi.2013.07.016. Epub 2013 Jul 26. PubMed PMID:23896319.

Piwowar M, Banach M, Konieczny L, Roterman I. Hydrophobic core formation in protein complex of cathepsin. J Biomol Struct Dyn. 2014;32(7):1023-32. doi: 10.1080/07391102.2013.801784. Epub 2013 Jul 5. PubMed PMID: 23826628.

Stangel-Wojcikiewicz K, Jarocha D, Piwowar M, Jach R, Uhl T, Basta A, Majka M.
Autologous muscle-derived cells for the treatment of female stress urinary incontinence:
a 2-year follow-up of a Polish investigation. Neurourol Urodyn. 2014 Mar;33(3):324-30. doi: 10.1002/nau.22404. Epub 2013 Apr 19. PubMed PMID: 23606303.

Piwowar M, Dygut J, Piwowar P, Konieczny L and Roterman I. "Attempt at a systemic outlook on aging and carcinogenesis" Bio-Algorithms and Med-Systems, 2014; 10(3): 101–115

Stangel-Wojcikiewicz K, Jarocha D, Piwowar M, Jach R, Uhl T, Basta A, Majka M. Autologous muscle-derived cells for the treatment of female stress urinary incontinence: a 2-year follow-up of a Polish investigation. Neurourol Urodyn. 2014 Mar;33(3):324-30. doi: 10.1002/nau.22404. Epub 2013 Apr 19. PubMed PMID: 23606303.

Stangel-Wójcikiewicz  K,  Basta A,  Piwowar M,  Petko  M,  Karpiel  G,  Panek D, Ludwin I & Jach R. 'Operative procedures supported with robotics systems and available endoscope procedures in operative gynecology', Bio-Algorithms and Med-Systems 10(3), 139—149, 2014

 

2013


Piwowar M, Banach M, Konieczny L, Roterman I.Structural role of exon-coded fragments in proteins. Bio-Algorithms Med-Syst. Volume 9, Issue 3, Pages 103–114, ISSN (Online) 1896-530X,
ISSN (Print) 1895-9091, DOI: 10.1515/bams-2013-0020, September 2013


Piwowar M, Banach M, Konieczny L, Chomilier J, Irena Roterman.Structural role of exons in hemoglobin. Bio-Algorithms Med-Syst. Volume 9, Issue 2, Pages 81–90, ISSN (Online) 1896-530X,
ISSN (Print) 1895-9091,
DOI: 10.1515/bams-2013-0009, May 2013

Roterman I, Konieczny L, Banach M, Marchewka D, Kalinowska B, Baster Z, Tomanek M, Piwowar M, Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes - from Bioinformatics to Molecular Quantum Mechanics Editor: Liwo Adam Springer Series in Bio-/Neuroinformatics, Vol. 12013 ISBN 978-3-642-28553-0 SIMULATION OF THE PROTEIN FOLDING PROCESS RATHER THAN PROTEIN STRUCTURE PREDICTION

 

Doniesienia zjazdowe 2013:

Piwowar M, Ostachowska-Gasior A. Electronic Nutritional Virtual Case - simulation dietary procedure on the basis of patient with obesity and diabetes type 2.
7th International Conference on Diabetes & Obesity; Strategies, Solution & Challenges; 24-25.10.2013 Riga, Latvia,  abstr s. 85-86.
Adres url: http://www.isanh-lv.com/

Ostachowska-Gasior A., Piwowar M. The effect of weight loss diet in obese men with diabetes type2. 7th International Conference on Diabetes & Obesity; Strategies, Solution & Challenges; 24-25.10.2013 Riga, Latvia, abstr s. 83-84.
Adres url: http://www.isanh-lv.com/

Stangel-Wójcikiewicz K., Jarocha D., Piwowar M., Jach R., Petko M., Karpiel G., Basta A., Majka M.. Opracowanie robota do wspomagania nowej metody leczenia wysiłkowego nietrzymania moczu u kobiet z wykorzystaniem komórek macierzystych. XIII Warsztaty Projektowania Mechatronicznego, 10-11.06.2013 Kraków

Stangel-Wójcikiewicz K., Jarocha D., Piwowar M., Jach R., Basta A., Majka M Metody rehabilitacji w nietrzymaniu moczu u kobiet. I Ogólnopolskie Sympozjum Rehabilitacja w Schorzeniach Nerek i Układu Moczowego (53/2013) 12-13.09. 2013

 

2012

Piwowar M, Porembski K, Piwowar P, „ ExonVisualiser – application for visualization exon units in 2D and 3D protein structures”, Bioinformation. 2012;8(25):1280-2. doi: 10.6026/97320630081280. Epub 2012 Dec 19. PubMed PMID: 23275735; PubMed Central PMCID: PMC3532015.

Piwowar M . (2012), „Elementy Bioinformatyki Medycznej, Genomika”, Wydawnictwo Uniwersytetu Jagiellońskiego

Marchewka D, Piwowar M, and Roterman-Konieczna I. The divergence entropy characterizing the internal force field in proteins M. Banach, D Chapter 4. Woodhead Publishing Series in Biomedicine No. 22 Protein folding in silico: Protein folding versus protein structure prediction; Editor: I Roterman-Konieczna, JagiellonianUniversityMedicalCollege; ISBN 1 907568 17 4 ISBN-13: 978 1 907568 17 6

Stangel-Wojcikiewicz K, Piwowar M, Basta A, Jarocha D, Majka M. (2012) Autologous Muscle-Derived Stem Cell Treatment for Female Stress Urinary Incontinence: A 1-Year Follow- Up of Polish Investigation; America Society of Gene & Cell therapy, 16-19.05 Annual meeting, Philadephia PA USA

Stangel-Wójcikiewicz K, Basta A, Piwowar M, Jarocha D, Majka M (2012) „Leczenie wysiłkowego nietrzymania moczu z wykorzystaniem autologicznych macierzystych komórek mięśniowych: doświadczenia z pierwszego roku polskiego badania”. XXXI Kongres Polskiego Towarzystwa Ginekologicznego; 19-22.09.2012

Kononowicz AA, Piwowar M, ”Jak korzystać z programu typu wirtualny pacjent w dietetyce?”. Problemy badawcze i dydaktyczne w medycynie prewencyjnej - V Konferencja dydaktyczno-szkoleniowa, Mąchocice, 04-06.2012

Piwowar M. & Placha W. „Skojarzona terapia antynowotworowa z wykorzystaniem nowych aplikacji zarejestrowanych leków”.  Life Science Open Space, Kraków 17-18.10.2012

 

2012 wyróżnienia/nagrody:

http://gin.demo.silvermedia.pl/news/45/open-innovation-best-practice-competition-results/

2011

Stangel-Wójcikiewicz K, Wojtyś A, Piwowar M, Migdał M, Popławska AM (2011) Laparoscopic colpopexy technique performed with laparoscopic supracervical hysterectomy, total laparoscopic hysterectomy, and following total abdominal hysterectomy. Bio-Algorithms and Med-Systems 7(1), 43-48.

Stangel-Wójcikiewicz K, Majka M, Basta A, Piwowar M, Jach R. (2011) „ Autologous muscle-derived stem cell injection for female stress urinary incontinence: a 1-year follow-up of Polish investigation” Acta Biochim. Pol. : Vol. 58, supl. 2, s. 5, abstr. PL.9

Piwowar M ., Swatowski M., Czudek B., Roterman-Konieczna I. (2011), “Determiantion of gene’s expression strength influence on function/process/component incomparison to other expresses genes” Humane Genome Meeting, 14-17 Marzec, Dubaj

Piwowar M ., Swatowski M., Roterman-KoniecznaI., Porembski K. (2011), „Exons as a units in the identification and visualisation protein regions ”, Humane Genome Meeting, 14-17 Marzec, Dubaj

Piwowar M , Stangel-Wójcikiewicz K., Piwowar P. (2011) Choroby wywołane przez powielone trinukelotydy (TSSR) oraz TSSR kandydaci na locus chorobowe; Episteme

Piwowar M , Stangel-Wójcikiewicz K., Piwowar P. (2011) Tandemowo powtórzone trinukleotydy w chorobach neurodegeneracyjnych i zwyrodnieniowych; Episteme

2010

Stangel-Wójcikiewicz K, Majka M, Basta A, Stec M, Pabian W, Piwowar M, Chancellor MB. Adult stem cells therapy for urine incontinence in women. Ginekol Pol. 2010 May;81(5):378-81. Review. PubMed PMID: 20568520.

Stangel-Wójcikiewicz K., Piwowar M., Migdał M., Poplawska A. M. (2010); “Laparoscopic colpopexy technique performed with LSH, TLH, and following an open hysterectomy using polypropylene prostheses” Algorithms and Med-Systems; Suplement No. 1, Vol. 6, No 12

Stangel-Wójcikiewicz K., Piwowar M., Migdał M., Poplawska A. M., (2010); ”Technika laparoskopowego zawieszenia pochwy wykonywana z LSH, TLH lub po klasycznym usunięciu macicy z wykorzystaniem siatki polipropylenowej”; MCSB 21-22.05 Kraków AGH

Piwowar M , Kułaga T., Guratowska M., Stachoń A., Kononowicz A. (2010) „Genomiczni Wirtualni Pacjenci” – metoda e-learningowa nie tylko dla lekarzy”; MCSB 21-22.05 Kraków AGH

Piwowar M ., Piwowar P. (2010) „Próba konstrukcji sieci interakcji genów w oparciu o dane eksperymentalne”, MCSB 21-22.05 Kraków AGH

Piwowar M ., Piwowar P. (2010) „Proposition of the genes interaction network on the basis of experimental data”, Bio-Algorithms and Med-Systems; Suplement No. 1, Vol. 6, No. 12

2009

Prymula K, Piwowar M, Kochanczyk M, Flis Ł, Malawski M, Szepieniec T, Evangelista G, Minervini G, Polticelli F, Wiśniowski Z, Sałapa K, Matczyńska E, Roterman I. (2009) In silico Structural Study of Random Amino Acid Sequence Proteins Not Present in Nature Chemistry & Biodiversity – 6, 2311-2336.

Piwowar M . (2009), Podstawy Inżynierii Biomedycznej; TOM II, Wydawnictwo AGH, rozdział: Infomatyka Medyczna, Analiza materiału genetycznego - kompletne sekwencje genomów., pp. 493-512.

Piwowar M., Matczyńska E., Pomarański F., Kośmider A., Kość D., Swatowski M., Więcek P., Szepieniec T. (2009), “VoGE – java application for presentation of Never Born Proteins gene structure elements”, Bio-Algorithms and Med-Systems 5(10),9-13

Piwowar M ., Matczyńska E., Pomarański F., Kośmider A., Kość D., Swatowski M., Więcek P., Szepieniec T. (2009), “VoGE – java application for presentation of Never Born Proteins gene structure elements”, Bio-Algorithms and Med-Systems 5(10),9-13

Matczyńska E., Szepieniec T., Piwowar M. Roterman . I. (2009), 'Gene structure elements of “never born proteins''VIII European Sympodium of The Protein Society; Zurich/Switzerland'.

Piwowar M ., Kułaga T., (2009), 'Microarray data analysis – two approaches''Konferencję Użytkowników Komputerów Dużej Mocy; Marzec 12-13; Zakopane, Polska'.

2008

Porębski G, Obtułowicz K, Piwowar M, Roterman I. (2008) A ssociation Between the N-Acetylation Genetic Polymorphism and Aspiryn-Induced Urticartia.Bio-Algorithms and Med-System, 4(8), 19-23.

Piwowar, M. (2008), Inżynieria Biomedyczna, Wydawnictwo AGH, rozdział: Bioinformatyka: Zrozumieć i odtworzyć w komputerze świat ożywiony; Projekt sekwencjonowania Ludzkiego Genomu.

Piwowar M , Matczyńska E, Ochlawski P, Kosibowicz M, Kość D, Swatowski M, Więcek P, Szepieniec T. (2008) GenFoSS–java application for presentation of coding stretches of Never Born Proteins. Bio-Algorithms and Med.-Systems. 4(7), 9-16.

Porębski G, Obtułowicz K, Piwowar M, Roterman I. (2008) Association Between the N-Acetylation Genetic Polymorphism and Aspiryn-Induced Urticartia. Bio-Algorithms and Med-System, 4(8), 19-23.

Piwowar M (2008). Genetic traces of Never Born Proteins. Bruksela; EuChinagrid review

Piwowar M , Roterman I. (2008) Projekt Sekwencjonowania Ludzkiego GenomuInżynieria biomedyczna. Księga współczesnej wiedzy tajemnej w wersji przystępnej i przyjemnej. Pod redakcją naukową Ryszarda Tadeusiewicza. Uczelniane Wydawnictwa Naukowo-Dydaktyczne. AGH Kraków 2008.

2006-2007

Piwowar, M ., Szepieniec, T. and Roterman-Konieczna I, (2007) ‘Massive identyfication of similarities in DNA materials organized in grid environment’; Bio-Algorithms and Med-Systems, 3(5),51-52.

Malawski, M., Szepieniec, T.; Kochanczyk, M.; Piwowar, M.; Roterman, I.; (2007) ‘An approach to protein folding on the grid EUChinaGrid experience’; Bio-Algorithms and Med-Systems, 3(5),45-49

Meus, J.; Brylinski, M.; Piwowar, M.; Piwowar, P.; Wiśniowski, Z.; Stefaniak, J.; Konieczny, L.; Surówka, G. & Roterman, I. (2006), 'A tabular approach to the sequence-to-structure relation in proteins (tetrapeptide representation) for de novo protein design.', Med Sci Monit 12(6), BR208-BR214.

Piwowar, M .; Meus, J.; Piwowar, P.; Wiśniowski, Z.; Stefaniak, J. & Roterman, I. (2006), 'Tandemly repeated trinucleotides - comparative analysis.', Acta Biochim Pol 53(2), 279--287

Porebski, G.; Obtułowicz, K.; Piwowar, M.; Roterman-Konieczna I.; (2007),‘Association between the N-acetylation genetic polymorphism and aspirin–induced urticartia’; Environmental Dermatology, Kraków, Poland

Malawski, M.;Szepieniec, T.; Kochanczyk, M.; Piwowar, M.; Roterman-KoniecznaI.(2007); ’An approach to ptrotein folding on the grid – EuChina Grid experience’. 5-th HealthGrid Conference – Geneva

Piwowar, M.; Szepieniec, T.; Matczyńska, E.; Roterman, I.; (2007) ‘Identification of “never born” protein traces in human chromosome 1 with using Grid environment – preliminary analysis Cracow'07 Grid Workshop : October 15–17, Cracow, Poland

Roterman, I., Kochańczyk, M., Malawski, M., Piwowar, M., Szepieniec, T.(2006); ‘The Quest for Pharmacology Active 'Never Born Proteins' within EUChinaGRID Project. Cracow Grid Workshop’; Cracow, Poland, October 15.-18., 2006.

2004-2005

Piwowar M , Meus J, Piwowar P, Wiśniowski Z, Stefaniak J, Roterman I. Tandemly repeated trinucleotides - comparative analysis. Acta Biochim Pol. 2006;53(2):279-87. Epub 2006 May 29. PubMed PMID: 16733558.

Meus J, Brylinski M, Piwowar M, Piwowar P, Wiśniowski Z, Stefaniak J,Konieczny L, Surówka G, Roterman I. A tabular approach to the sequence-to-structure relation in proteins (tetrapeptide representation) for de novo protein design. Med Sci Monit. 2006 Jun;12(6):BR208-14. Epub 2006 May 29. PubMed PMID: 16733478.

Piwowar M , Grzybowski P, Meus J, Wiśniowaski Z, Roterman I, „Characteristics of simple-repeats in Humane Genome”, Gliwickie Spotkania Naukowe, 2002, Gliwice, Poland

Piwowar M , Meus Jan, Wiśniowaski Z, Roterman I, “Characteristics of repetitive DNA sequences in Humane Genome”, European Sumposium of the Protein Society, March 29 to April 2, 2003, Florencja, Włochy

Piwowar M , Meus J, Roterman I; „Analiza zawartości mikrosatelitów (CAG)n w genomach wybranych organizmów oraz w mRNA ludzkim”. Sztuczna Inteligencja w Inżynierii Biomedycznej SIIB- AGH. 19 październik, 2004, Kraków, Polska.

Piwowar M , Meus J, Harańczyk G, Piwowar P and Roterman- Konieczna I; “Polimorphism of tandemly repeated trinucleotides, in the context of dynamic mutations”. European Sumposium of the Protein Society, April 29 to May 4, 2004, Barcelona, Hiszpania

Piwowar M , Rogoż M, Klimowicz A, Roterman- Konieczna I; „Polimorfizm sekwencji trinukleotydowych w chorobach neurodegeneracyjnych”.VI Krajowa Konferencja Modelowanie Cybernetyczne Systemów biologicznych, Maj 20, 2005

Porebski G, Obtulowicz K, Kwapinska A, Obtułowicz P, Piwowar M, Gornik W; „Genotype of N-acetyltransferase 2 (NAT2) polymorphism in patients with NSAIDs - induced urticartia and angioedema”; XXV Congress of the European Academy of Allergology and Clinical Immunology 10 - 14 June 2006, Vienna, Austria.

Leluk J, Grabiec M, Sobczyk M, “The application of genetic semihomology algorithm for theoretical studies on various protein families. International Conference on Conformation of Peptides, Proteins and Nulceic Acids”, August 29 - September 2, 2000, Debrzyno, Poland

Leluk J, Grabiec M, “Sequence similarity estimation and correlated mutations in selected protein families. I. An approach to protein sequence similarity estimation. Ist Summer School on "Parallel Computing in Biomolecular Simulations", September 1-3 2001, Gdańsk, Poland